آیت الله ملاعلی کنی در سال 1220 هجری قمری در بخش کن تهران متولد شد و از کودکی علاقه به دانش دینی نشان داد. او برخلاف خواست والدین با عزمی راسخ، به طور مخفی، مقدمات علوم عربی را فرا گرفت و سرانجام پس از گذشت بیست سال توانست رضایت والدین خود را کسب کند و راهی حوزه تهران و پس از آن حوزه اصفهان گردید و از محضر اساتیدی چون سید اسدالله اصفهانی بهره برد؛ با همه بهره وری که از چنین اساتیدی داشت باز احساس می کرد عطش علم در او فرو نمی نشیند؛ بدین ترتیب آماده سفر به نجف اشرف شد و در آنجا از محضر اساتیدی چون صاحب جواهر، شیخ حسن کاشف الغطاء و شیخ مشکور حولاوی نجفی بهره جست در همین حال از حوزه علمیه کربلا نیز غافل نماند و از محضر اساتیدی چون شریف العلماء مازندرانی و سید ابراهیم قزوینی استفاده کرد. (محمد باقر پورامینی: 1379، صص 40- 27)
او درعین حال که تحصیل را ادامه می داد زندگی همراه با فقر و فاقه را پشت سر می نهاد آن چنان که سید زین العابدین طباطبایی از دوران سخت تحصیل شیخ علی کنی چنین یاد می کند:
در ایام طلبگی که به نجف اشرف آمده بودم من و آقای شیخ عبدالحسین شیخ العراقین و آخوند ملاعلی کنی در یک حجره از مدارس حوزه علمیه در نهایت فقر و فاقه به سر می بردیم و فقیرتر از همه حاجی کنی بود که هر هفته به مسجد سهله می رفت و از گوشه و کنار مسجد، بدون اینکه کسی بفهمد نان خشک جمع می کرد و به مدرسه می آورد و گذران هفته را از آنها می کرد. (همانجا، نقل از مجله مشکوه، ش 40، ص 81)
با این حال، او توانست شاگردانی را تربیت کند که از جمله این شاگردان می توان: شیخ موسی شراره عاملی؛ شیخ محمد باقر نجم آبادی، شیخ اسدالله تهرانی، سید محمود حیاط شاهی، سید محمد لواسانی، سیدمحمد مرعشی، مولا محمد علی خوانساری، ملا محمد تقی سنجابی، میرزا حسین نایب الصدر، شیخ محمد حسین گرگانی و شیخ حسین بافقی را نام برد. (محمد علی مدرس: ج5، ص 98)
او همچنین آثار متعددی از خود به جای گذاشت که از جمله این آثار می توان ارشادالامه، ایضاح المشتبهات، تحقیق الدلائل فی شرح تلخیص المسائل (شامل مباحث مستقلی چون کتاب البیع، کتاب الخیارات، کتاب القضاء و کتاب الشهادات، کتاب الطهاره و کتاب الصلاه)، تلخیص المسائل، توضیح المثال فی علم الدرایه ی والرجال، حاشیه بر قواعد، رساله ای در استصحاب، رساله ای در اوامر و نواهی، رساله ای در مفاهیم و مواعظ حسنه را نام برد. (همانجا؛ محمد شریف رازی: 1353، ص 635)
ایشان پس از سالها تلاش و کوشش در راه فراگیری فقه و اصول که سختیهای فراوانی نیز به همراه داشت به درجه اجتهاد نایل گردید. سپس به تهران بازگشت و به تدریس و زعامت امور دینی پرداخت.
مرحوم کنی در آغاز ورود به تهران در آنجا نیز روزهای سختی را گذراند و تنگدستی و فقر او را در فشار قرار داده بود. با آن وجود انتشار کتابی به قلم خود، ذهن او را مشغول ساخته بود و در پی انجام آن بود. سرانجام با یاری حق و مشقت فراوان، کتاب را منتشر کرد و سود فراوانی عاید او گردید. پس از آن زمین متروکه ای را با قیمت ارزان خریداری و در آن قناتی را احداث کرد که با احیای زمین، در آمد سرشار و با برکتی نصیب وی گردید.(1)
اگرچه ملاعلی کنی پس از رهایی از فقر، زندگی با عظمت و شکوهمندی را دارا شد، اما ثروت و مال خود را جز در خدمت اعتلای مذهب و کمک به مستمندان و محرومان صرف نکرد. (آقا بزرگ تهرانی: ج 4، ص 1505) چنان که با بیان موقوفات ایشان متذکر این روحیه والای ایشان خواهیم شد.
سرانجام این مرجع وارسته، بامداد روز پنجشنبه 27 محرم 1306 هـ. ق به دیدار باقی شتافت؛ و در مسجد عتیق، بین الحرمین و در جوار حضرت عبدالعظیم حسنی (ع) به خاک سپرده شد.